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PCR-SBT基本原理
更新时间:2024-10-15      阅读:95

1. PCR扩增

PCR-SBT技术首先是对待测DNA进行PCR扩增以扩增出分型区域PCR,即聚合酶链反应,是一种在体外快速扩增特定DNA片段的方法。在PCR过程中,需要设计特定的引物,它们能够与待扩增的DNA片段两端互补结合。然后,在DNA聚合酶的作用下,以dNTP为原料,按照碱基互补配对的原则,合成新的DNA链。通过多次循环的变性、退火和延伸步骤,待测DNA片段得以大量扩增。

PCR-SBT技术中,为了扩增出HLA基因的多态性区域,通常需要设计多个引物对。这些引物对能够覆盖HLA基因的所有可变位点,确保扩增出所有可能的等位基因。通过PCR扩增,可以得到大量含有不同等位基因序列的DNA片段。

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SYBR GreenⅠ染料法原理示意图

2. 序列反应

PCR扩增后的DNA片段需要进行测序,以确定它们的具体序列。在PCR-SBT技术中,一般采用Sanger测序技术,也被称为双脱氧测序法。这种测序方法基于DNA合成过程中的链终止反应。在测序反应中,向PCR扩增产物中加入四种荧光标记的双脱氧核苷酸(ddNTP),它们与正常的dNTP在结构上相似,但缺少一个羟基,因此不能继续参与DNA链的合成。当DNA聚合酶在合成过程中遇到ddNTP时,链的合成就会终止。由于ddNTP的荧光标记不同,因此可以通过荧光检测器区分出不同的终止位置,从而确定DNA序列。

3. 数据分析

测序得到的数据需要进行进一步的分析和比对。首先,需要对测序数据进行整合和预处理,确定每个可变位点的基因型组成,包括去除低质量的序列、拼接重叠的序列片段等。然后,将新测定的基因型与已知的HLA等位基因序列进行比对,以确定其种属和亚种。这一步骤需要借助专业的数据库和软件工具,如IMGT/HLA数据库等。通过比对分析,可以准确地确定待测样本的基因型别。

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